Система экологического налогообложенияеще только разрабатывается. Кроме общего средозащитного налога на прибыль,потребность в котором вытекает из ситуации экологического кризиса, в нее могут входить налоги на использование экологически опасной технологии и наценки на выпуск экологически опасной продукций. К ним примыкают отчисления из прибыли за природоохранные сооружения и оборудование, аналогичные той плате, которая узаконена по отношению к основным производственным фондам. Необходимость этой меры связана с низкой эффективностью работы значительной части средозащитных сооружений и устройств. Эту плату следует дифференцировать в зависимости от эффективности и срока эксплуатации этих объектов, причем плата за неисправности и малоэффективные установки должна быть существенно повышена. Введение в эксплуатацию природоохранных средств часто срывается или сильно задерживается. Поэтому следует ввести высокие штрафные санкции за задержку ввода в эксплуатацию, кратные нанесенному ущербу.

В систему экологического налогообложения входит и плата за кредит на природоохранные средства. Природоохранное кредитование должно иметь льготный характер, и поэтому плата за кредит будет относительно небольшой, но она должна быть поставлена в зависимость от срока освоения средств; превышение нормативного срока освоения существенно повышает ставку платы за кредит. А ввод вэксплуатацию предприятия, получившего кредит, без средозащитных устройств наказывается помимо других санкций высоким штрафным процентом за кредит.

Кроме того, существуют специальные штрафные санкции за серьезные экологические нарушения – залповые аварийные выбросы и сбросы опасных загрязнителей, несоблюдение мер экологической безопасности, превышение договорных квот на эмиссию парниковых газов и нарушение соглашений о трансграничном переносе поллютантов.

Параллельно с системой платежей функционирует и система экономического стимулирования экологизации хозяйства. Она предусматривает:

• налоговые льготы на прибыль, направляемую на все формы снижения природоемкости производства, в частности уменьшение налогооблагаемой прибыли при осуществлении средозащитных мер, освобождение природоохранных затрат от налога на добавленную стоимость и другие льготы;
• налоговые льготы для предприятий, выпускающих природоохранное оборудование, материалы и препараты, а также приборы и оборудование для контроля эмиссий и качества среды;
• дополнительное финансирование и льготное кредитование перспективных  экологических  программ  и  проектов, внедрения  новых средозащитных средств и малоотходных технологий;
• премиальные выплаты за сублимитное снижение выбросов вредных отходов, внедрение малоотходных технологий и переработку отходов, повышение экологических качеств продукции; улучшение экологического контроля производства и т.д.

Система платежей, налогообложения и стимулирования должна быть организована таким образом, чтобы природопользователям было выгоднее изменять технологию, осваивать менее природоемкие процессы, нежели платить налоги и штрафы. Но для этого ставки как платежей и штрафов, так и стимулов должны быть не символическими, а весьма ощутимыми – на уровне ставок, связанных с основным производством. От всей системы платности природопользования требуется достаточная гибкость, способность оперативно отслеживать изменения природоемкости производства, быть регулятором экологизации.